지식산업센터 취등록 시 부과되는 세금 및 비용에 대해 정리해 본다.
1. 기본적으로 적용되는 취등록 세율
지산 취득 시 가장 기본적으로 적용되는 취등록 세율은 4.6%이다. 취득세 4%와 교육세 0.4%, 농특세 0.2%로 구성된다. 이 취등록 세율은 오피스텔 등의 비주택용 부동산에 적용되는 취등록 세와 동일하다.
순수한 세율은 4.6%이나, 취등록 등기 과정에서 채권 할인 수수료 및 법무사 수수료, 수입인지 비용 등이 발생하기 때문에, 실제 발생하는 취등록 비용의 총액은 할인비용 및 수수료 비용 등에 따라 분양대금(VAT제외)의 약 5.1~5.4% 정도가 된다.
2. 취등록 세 감면 제도 – 임대 목적인 경우 해당 안 됨
지식산업센터는 다음의 요건이 충족되는 경우, 4.6% 중 2.3%에 해당되는 취등록 세 절반 금액을 할인받을 수 있다. 즉. 2.3% 세율로 취등록을 할 수 있는 경우가 있는데, 이를 위해서는 다음의 요건을 충족해야 한다.
단, 이 제도는 2022년 12월 31일까지 취등록 등기가 이루어지는 경우에 한하여 적용되는데, 기간 경과에 따라 연장되는 경향이 있으므로, 혹시 분양받는 시점에 감면 제도가 연장되었는지 확인해야 한다.
(1) 분양자가 직접 사용할 것
– 임대를 주는 경우에는 감면되지 않는다.
(2) 취등록 후 반드시 1년 이내에 실제로 사용할 것
– 분양자가 직접 사용하더라도, 취등록 후 1년 이내에 실제로 사용해야 한다.
(3) 취등록 후 5년 이내에는 양도 또는 임대하지 않을 것
– 취등록 후 5년 이내에 매도하는 경우, 감면 혜택을 받을 수 없다.
(4) 이전에 지식산업센터 취득 관련하여 해당 지역에서 감면받지 않았을 것
– 이전에 또 다른 지식산업센터를 취득하여 감면받은 실적이 있는 경우, 중복해서 혜택을 주지 않는다.
(5) 최초 취등록에만 적용된다.
– 해당 지식산업센터를 분양받았거나, 분양권을 전매해서 처음으로 등기하는 경우에만 해당되며,
일단 등기가 이루어진 지식산업센터를 일반적인 부동산 매매로 취득되는 경우에는 해당되지 않는다.
3. 감면 취등록 세를 다시 납부하는 경우
만일 이러한 조건으로 취등록 세를 감면받은 상태로 취득 신고 및 취득세를 납부하였더라도, 추후 위에 해당되는 요건이 발생하면 60일 이내에 신고 및 감면받았던 금액을 추가로 세금 납부하여야만 한다.
또한 2020년 1월 15일 취득분 부터는 감면되었던 금액과 함께, 추가로 감면되었던 금액에 대한 이자상당액(=1일당 10만분의 25로 연리 환산시 9.125%)이 함께 청구된다는 것을 기억해야 한다. 이때 이자상당액이 적용되는 기간은 해당 사유가 발생한 날짜가 아니라, 분양을 받아 당초 취득했던 날짜(=처음 등기한 날)로부터의 신고한 날짜까지의 날짜수임을 반드시 기억해야 한다.
즉, 최초 취득 신고 4년 후 사유 발생으로 감면분을 추가 신고하게 되는 경우에는 최초 취등록시 감면된 취등록 세 전액 (분양대금의 2.3%)과, 이 감면되었던 금액 전액과, 이자상당액 (감면액 x 9.125% x 4년 = 감면액 x 약 36.5%)를 납부해야 된다. 즉 당초 취등록시 감면되었던 세금 금액이 1000만원이었고, 4년후 사유발생으로 자진신고로 감면세액을 납부할때는 1365만원을 납부해야 하는 것이다.
최초감면액 : 1000만원
감면분 이자상당액 : 1000만원 x 4.0년 x 9.125% = 365만원
———————————————————————–
합계 1,365만원
따라서, 미리 위에 설명한 취등록 세 감면 요건을 충족하지 못할 것으로 분명하게 예상된다면, 처음부터 취등록 세를 완전하게 납부하는 것도 감면분 지연 납부 이자를 아낄 수 있는 좋은 선택이 될 수도 있으며, 임대나 매도 시점에 대해서 세금을 고려하여 미리 계획하는 것이 필요하다.
만일 사유가 발생했음에도 60일 이내에 자진 신고하지 않았다가 납부하는 경우에는
신고가산세 20%와, 가산세에 대해 1일당 10만분의 25 (연리환산시 9.125%)에 해당하는 금액을 추가로 납부해야 한다.
예를 들어, 동일하게 최초 취득 신고시 1000만원의 취등록세를 감면받은 후, 4년 후 갑자기 사유가 발생했으나, 자진신고하지 않고 있다가 6개월이 경과된 시점(=최초 등록후 4년6개월 시점 = 사유발생후 6개월)에 해당 금액을 납부하는 상황이 벌어진다면 다음과 같이 납부하는 상황이 벌어지게 된다.
최초감면액 : 1000만원
감면분 이자상당액 : 1000만원 x 4.5년 x 9.125% = 410.6만원
미신고 가산세 : 1000만원 x 20% = 200만원
가산세에 대한 이자 : 200만원 x 6개월 x 9.125% = 약 9만원
———————————————————————–
합계 약 1,620만원
따라서 사유가 발생한 경우에는 반드시 자진 신고할 것을 권한다.
4. 취등록 세 중과
간혹 이러한 취등록 세가 4.6%보다 크게 중과되는 경우가 있는데, 이러한 경우는 대부분 법인의 경우에 해당되며, 다소 경우의 수가 많기 때문에 반드시 법무사 등의 전문가 확인이 필요하다.
가장 중요한 경우를 살펴보면 다음과 같다.
1) 과밀억제권역에서 설립한지 5년이 안된 법인이 산업단지가 아닌 지역에 있는 지식산업센터를 분양받는 경우
2) 설립한지 5년이 넘은 법인이라도, 과밀억제 권역이 아닌 곳에서 과밀억제권역의 지식산업센터를 분양받아 이사하는 경우
기타 사업지의 본점 등기 지역이 타 권역으로 변경되는 경우에는 반드시 전문가 사전 검토를 해야 한다.
특히 과밀억제권역에서 수도권 외 지역으로 본점을 이전하는 경우에는, 단순히 취등록 세 외에도 법인세 감면 제도 등의 혜택도 함께 고려해야 하기 때문에 반드시 전문가 검토를 받아야 한다.

